＜業務課の仕事＞
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銀行の銀行としての業務
日本銀行では、個人の方や一般企業から預金を受入れていませんが、銀行などの金融機関から当座預金を受入れており、業務課がこの当座預金の受払を行っています（現在１６金融機関が当店に当座預金口座を開設しています）。
金融機関では、この当座預金を引出して日本銀行からお金を受け取ったり、金融機関同士の様々な取引の決済にこの当座預金を利用していますが、こうした当座預金の受払は、大半が日本銀行と金融機関を結ぶコンピュータシステム（日銀ネット）を通じてオンライン処理されています。
政府の銀行としての業務
日本銀行では、国の預金口座（政府当座預金）を開設し、国民の皆さんが国に納める税金や国民年金保険料、交通反則金等を受入れる一方、年金や公共事業費をこの預金口座から支払っていますが、こうした国のお金を国庫金と言い、業務課では国庫金の受払や計算整理等を行っています。
国庫金の受払は膨大に上るため、「歳入金等ＯＣＲ処理システム」をはじめとする各種システムによって大半が機械処理されていますが、国庫金の納付については、１６年１月から納付者の方が自宅に居ながらにしてパソコンや携帯電話を使って税金や保険料等を納付（歳入金等の電子納付）できるようになり、利便性が増しました。
このほか、日本銀行では、国債の発行や国債の元金・利子の支払も行っていますが、この事務も業務課が担当しています。
なお、日本銀行では、国民の皆さんや官庁の利便を図るため、日本銀行本支店だけでなく、民間金融機関の特定の店舗に「代理店」を設けて、国庫金の受払や国債の元利払の事務を委託しています。