日本銀行は、銀行の銀行として、民間の金融機関との間で当座預金取引や貸出取引を行っています。民間の金融機関では、個人や一般企業の預金の振替や振込等によって発生するお金のやりとり（資金決済）を、日本銀行の当座預金を通じて行っています。

なお、日本銀行では、民間の金融機関と日本銀行との間をコンピュータネットワーク（「日本銀行金融ネットワークシステム」と呼んでいます。）で結び、当座預金の受払を迅速に処理しています。

日本銀行は、政府（官庁＝○○税務署、△△年金事務所等）の銀行として、国税や社会保険料等の受入や年金等の支払などの事務を行っています。なお、このうち、取扱量が膨大な国税や社会保険料等の納付書類については、取りまとめて本店へ送付し、本店が直接機械に読み込ませるシステム（「光学式文字読取装置（ＯＣＲシステム）」と呼んでいます。）を用いて、官庁別に月毎の納付金額を集計のうえ、各官庁に報告しています。また、このほか、日本銀行では、国債の発行や元金・利子の支払、国が所有または保管する有価証券の受払や保管等の事務も行っています。