金融機関や政府は日本銀行に預金口座を持っています。このため、日本銀行は「銀行の銀行」、「政府の銀行」と言われます。皆さんが金融機関で自分の預金口座から他人の口座へお金を振り込んだり、納税や年金の受取りなど政府とのお金のやり取りを行う場合、最終的には日本銀行にあるこれらの口座によって決済されます。こうした業務が間違いなく行われることは、安心してお金が使われるうえでの不可欠な要素です。

日本銀行の本支店では、法令の定めに従い、全国各地にある官庁等と取引を行い、日々国庫金の受払を行っています。具体的には、供託金の受払や、年金、公共事業費などの支払を行うほか、国税や社会保険料、交通反則金などの受入を行っています。全国各地におけるこうした国庫金の受払は、最終的には日本銀行本店にある政府預金に計理されます。

こうした「政府の銀行」としての業務は膨大な量になります。このため、歳入金の受入については、書類を機械で読み取って処理（OCR処理と言います）しているほか、インターネット・バンキング等を通じて歳入金の納付を行う「電子納付」の推進にも取り組んでいます。歳出金の支払についても、政府と日本銀行、金融機関を通信回線で接続して、振込口座の明細をオンラインで授受するなど、業務の効率化に努めています。

また、歳入金を納付される方などの利便性向上のため、日本銀行では、民間の金融機関と契約を結んで「政府の銀行」としての業務の一部を委託しています。そのような店舗を「代理店」といい、代理店では、店頭に『日本銀行〇〇代理店』（○○には地域等の固有名が入ります）、『日本銀行歳入代理店』、『日本銀行歳入復代理店』といった看板を設置しています。